Surhuisterveen bestond oorspronkelijk uit niets meer dan woeste onbewoonde veengronden ten zuiden van het dorp Surhuizum in de grietenij Achtkarspelen. Het veen dat hier lag was voor het grootste gedeelte hoogveen. Tussen de hoogveengebieden van het tegenwoordige Harkema-Opeinde en die van Surhuisterveen lag, meer westelijk, ook nog een laagveengebied dat, nadat het was uitgebaggerd, een meertje, de "Wijde Pet", achterliet.
In de zestiende eeuw kwam er steeds meer interesse in turf als brandstof en de venen begonnen van belang te worden voor speculanten en beleggers. In 1517 kocht Tjaard van Burmania, Ridder in de Hove van Friesland van het convent te Buweklooster een deel van de venen. Deze lagen aan de Lits (bij Rottevalle) ten zuiden van Surhuizum. Burmania vermeerderde dit bezit nog, doch ook andere kopers daagden op. Het blijkt dat er in 1530 zelfs turfgravers voor het Convent zelf aan het werk waren. Om de venen enigszins bereikbaar te maken, had het Gerkesklooster een kleiweg naar het zuiden doen aanleggen, die waarschijnlijk de Friese Dijk van tegenwoordig is. Er was echter meer nodig dan een weg. De afvoer van de turf moest hoofdzakelijk per schip geschieden en Burmania sloot dan ook al spoedig met het klooster een overeenkomst om een vaart te graven naar Rottevalle "so breed, datter twe schuyten neffen den anderen moegen vaeren". Van een eigenlijk dorp Surhuisterveen is echter in de zestiende eeuw nog geen sprake. Het klooster werd in 1580 verwoest.
Naast de "Oude Vaart" werd in 1648 de Nieuwe Compagnonsvaart gegraven naar het Kolonelsdiep en deze had vandaar verbinding met Buitenpost. De nederzetting werd nu ook al meer en meer een dorp. In 1723 wordt het "door sijn turven vermaard" genoemd en in 1787 wordt ervan gezegd dat het bestond uit "een groote menigte van huizen, die alle langs de Veenster Vaart, in een vermaakelijke en lommerijke plaats, midden in de hooge veenen is gesticht". Anders dan tegenwoordig, moet het ook wat natuurschoon betreft niet onaantrekkelijk zijn geweest. Wij lezen tenminste van met bomen beplante wegen," en er is alom in de velden een groote menigte van haazen, patrijzen, en ander klein wild".
Waarschijnlijk is het eigenlijke Surhuisterveen niet veel vroeger dan 1600 gesticht. De eerste nederzetters waren doopsgezind en de Mennonieten hebben een blijvend stempel op het dorp gezet, dat zelfs tegenwoordig nog niet geheel is uitgewist. In 1614 is er al een Doopsgezinde Gemeente en in 1645 wordt de eerste Doopsgezinde kerk door een nieuwe tweede vervangen. Of de eerste gemeente door een vermaner of door een leraar werd bediend is niet bekend. De eerste mocht niet de Doop en het Heilig Avondmaal bedienen. Hij was dikwijls een gewoon lid van de gemeente.
De Mennonieten waren in die tijd in meerdere secten verdeeld. Surhuisterveen had zich bij de zogenaamde Waterlanders aangesloten en was dan ook in 1647 op de "Kerkelijke Handeling" (een synode) van de Waterlanders in Amsterdam vertegenwoordigd. Men nam leven en leer nog steeds ernstig in de oude Doperse geest op. De leraar moest de gemeente opwekken niet mee te doen aan pracht en praal, aan weelde en overdaad, vooral bij bruiloften en maaltijden. Ook mochten werken des vleeses, als "droncken drincken, iedelheyt, dansen, lichtvaerdigheyt, kyven, vechten en diergelijcke" niet door de vingers worden gezien. In 1695 werd de Friese Doopsgezinde Sociëteit te Leeuwarden gesticht. Deze heeft veel voor de Mennisten en hun gemeenten gedaan. Surhuisterveen had toen, volgens opgave, 31 leden. Zeker een klein getal vergeleken bij de 130 in de opgave van 1723. Wij moeten daarbij echter in het oog houden, dat de gemeente een grote uitbreiding had ondergaan doordat Doopsgezinde vluchtelingen uit Zwitserland zich hier omstreeks 1715 hadden gevestigd. Zij bedienden de doop door onderdompeling welke plaats vond in een plas bij Kortwoude. Zij bleven echter niet definitief, doch trokken later verder naar de Palz en de meesten emigreerden naar Pennsylvania in Noord-Amerika. Als typische bijzonderheid is nog vermeld, dat zij de eerste aardappelen naar Surhuisterveen brachten.